孙士毅（1720年—1796年），字智冶，一字补山，浙江仁和人，清朝大臣。乾隆进士，原为文官，历任内阁中书、侍读、编修、太常少卿等职。后出任山东布政使、广西巡抚，旋署两广总督。
乾隆五十二年（1787年）设防潮州，阻防林爽文起义军进入广东。翌年率军参与安南之役，出谋定策，指挥得当。后封一等谋勇公，授兵部尚书、军机大臣。乾隆五十六年（1791年）授四川总督，保证了平定西藏廓尔喀之役的粮饷供应。后又率军镇压苗民起义和白莲教起义。嘉庆元年（1796年）夏卒于军中，谥文靖。著有《百一山房集》等。