伍正己，初名愿，字公谨。约生于唐贞元十年(794年)。唐宣宗大中十年(856年)，登进士第，为汀州府第一个举进士的人。调任临州(今甘肃临洮)尉时改名正己，官到御史中丞。
唐大和九年(835年)发生“甘露之变”，宰相李训等谋诛宦官不成，反被族诛一千余人。其后以南司(宰相府)为代表的公卿和北司(宫禁)的宦官彼此攻讦，陷害之事层出不穷。伍正己以大局为重，坚持原则，不拘小节，对属员说：“有言责者，非特摘发小过，正当名扬善类，令连茹汇升，为朝廷扶植元气耳。”对于那些遭谗谪的官员，他不遗余力设法营救，使之得以从轻处理或免受破孩。随后反宦官发展为朋党之争，致使更多无辜受害，正己为此叹息不止，说：“庸回方正，势不两立。吾岂能以杯水救车薪之火哉！”遂以年老多病为由，辞官回乡。唐乾符元年(874年)逝世，终年81岁。
伍正己死后，第一个入祀乡贤祠。他的后裔伍祐、伍仲休、伍宗源等，政声文采，各皆彰著。