史惇崇祯三年（1630）举于乡。十三年（1640）就教。思宗急于用人，特于崇祯十五年加开一科，不分一二三甲。廷试阅卷，史惇第一，同进士一体除官。
史惇及第后，授户部山东司主事，监禄米仓。旧例多杂费，至使很多良家破产，史惇到任后一概革除。历-外、郎中，升九江知府。当时流寇猖獗于黄梅、广济之间，与九江仅隔衣带水。史惇上任后“严保甲，勤哨探，贼不得渡。”
左良玉与起义军战于朱仙镇，大败，退至襄阳，集和残余部队顺流下江西，一路多行杀掠。左良玉因刚刚打了败仗，心中不免猜惧，至九江驻兵。巡抚张凤翮与众人商议，欲关闭城门，拒绝左良玉的部队进城，史惇说：“如果如此，则左良玉一定会怀疑有密旨，他必然要哗变。只有开城犒师，才可以释其疑心，而杀掠才会停止。”史惇请同推官某一同去见左良玉。左良玉果然大喜，下令禁止士卒有所干犯。不久，史惇因刚直不阿得罪高官而归乡。余事不详。