秦华孙，１９３５年９月生于江苏高邮。１９５５年３月加入中国共产党。１９６１年８月参加工作。１９７１年９月到中国驻塞拉利昂使馆工作。１９８０年４月起历任外交部新闻司副处长、处长、参赞。１９８４年９月起历任中国常驻联合国日内瓦办事处和瑞士其他国际组织代表团参赞、副代表。１９８７年２月任中国常驻联合国维也纳办事处和其他国际组织代表（大使衔）兼驻联合国工业发展组织代表、国际原子能机构代表。１９９０年６月任外交部国际司司长。１９９３年２月任外交部党委委员、部长助理。１９９５年２月任中国常驻联合国代表、大使。
秦华孙是政协第九届全国委员会外事委员会副主任。
２０１７年２月３日因病医治无效在北京逝世，享年８２岁。