戴有祺祖籍安徽休宁，后世寄居江苏松江府。雍正二年，金山卫升县，居家遂籍金山县。戴有祺先以金山卫生员举荐于乡里，中举后，康熙二十七年（1688）戊辰科赴京会试，得中贡士。康熙三十年（1691）戴有祺参加补行殿试，此辛未科原读卷大臣初拟定：第一名吴昺，第二名戴有祺，第三名杨中纳。康熙帝认为戴有祺“书法尤嘉”，由于他书法好，于是将戴有祺拔置第一。戴有祺取状元后，授职翰林院修撰，掌修国史。不久便告假，回乡服丧。康熙四十一年，壬午科乡试戴有祺为内值诸词林官。这一年，大考詹翰，他被列为三等，依例降黜戴有祺，贬低任职，于是，左迁为候补知县。真是仕途不畅，他不肯前去赴任。戴有祺从此乞假离京，归乡隐居，再不复出。登第苦苦二十年，未竟其用。
戴有祺孤傲清高，操守谨严，厌恶官场。戴有祺离官回乡后，构筑草堂而隐居。戴有祺秉性孤介，超然出尘，为文奇古似柳柳州（宗元），诗旷达若陆放翁（游），书法遒劲如褚河南（遂南）。戴有祺晚年筑室荒村，叠假山，临流水，筑舫子，啸歌坐卧其中。有室额题写着“慵斋”二字，戴有祺作《慵斋野老传》以寄怀心意。他寄情于山水，在他的《杂兴》诗中写道：“山中多白云，山静云欲活。本是山所生，翻为云所没。三尺盆中松，昔自黄山得。偃蹇不争高，千年自奇特。”诗人以高山寿松自喻，表明不愿随波逐流的个性。后来，戴有祺因生活贫困，终死于乡里。
著有《寻乐斋诗集》、自传文《慵斋野老传》。