孔仲起族名孔庆福，自曾祖杏荪、祖父子瑜、父小瑜、兄伯容、女贻奋、侄孔成孔鼎、甥陈凯五代国画世家。1934年生于上海。1955年入学浙江美术学院中国画系，1960年毕业留校任教至今。历为中国美术学院教授、学位委员、浙江文化厅高评委、中国美术家协会会员、联合国国际美育学会理事、东方社执行社长、西泠印社社员。享受国务院授予有特殊贡献的津贴。
1985-1987连续三年在中央电视台播讲中国山水画。1987-1989主持中国书画函授大学杭州分校。1988年1-3月任西德汉堡艺术学院客座教授。1990年9月访日。受美浓市长邀请参加记念俞越蓝水交流百年祭并办个展。1993年8月应欧洲华人学会之邀赴奥出席中西文化研讨会。1995年8月赴巴黎续会，9月应汉堡政府之邀和上海陈家泠联袂办画展。1996年5月赴韩，出席国际茶文化活动，并和潘公凯、刘国辉、王冬龄、何水法、王赞等六人作品联展。1996年12月赴泰，随中国美协举办“三峡百景展”。1997年8月去悉尼举办“孔仲起舒伟敏师生三代画展”。12月和吴山明、李子侯应丁绍光艺术中心之邀赴美联展。1998年8月去东京出席国际艺术教育会，嗣后举办孔仲起蒋开发师生画展。2000年4月赴加主办东方社作品展。
山水画雄健奔放、严密阔略兼备，注重意境，追求真趣，爱画江海波涛、行云流水。作品多有参加海内外重大展出并获奖，有的为中国美术馆、北京图书馆、中南海怀任堂、军博、日本美浓市府以及汉堡文化厅、世界银行等收藏。
著有《孔仲起山水画集》、《孔仲起画集》、《孔仲起画云水》、《山水画技法概要》、《孔仲起山水写生法》，合著《山水画谱》、《百树谱》、《百石谱》等多种。 2005年人美总社出版《中国近代名家孔仲起》。