孔休源（469—532），字庆绪，山阴（今绍兴）人。11岁丧父，后就吴兴沈麟士学经。齐明帝建武四年（497），州举秀才，为太尉徐孝嗣所赏识。琅邪王萧融荐之于司徒竟陵王萧子良，为西邸学士。
梁朝初，为太学博士，深得侍中范云和尚书令沈约褒赏。武帝欲求一熟悉朝仪学者，吏部尚书徐勉荐休源，任尚书仪曹郎中。其时制度多所改革，武帝每次问以前代故事，休源根据所读所记，随时应对，被称为“孔独诵”。
后迁建康狱正，处理狱讼，公正无枉。再迁御史丞，刚正不阿，无所回避，百官无不畏惮。先后为晋安王萧纲、始兴王萧憺长史，行荆州府事。普通七年（526），扬州刺史、临川王萧宏去世，武帝命休源为宣惠将军、监扬州事，代萧宏之职。中大通二年（530），加金紫光禄大夫。武帝出巡，常以军国大事委之。昭明太子萧统去世，武帝夜召入殿参与谋议，立晋安王萧纲为太子，公卿大臣执笔听命于前，当时人称为“兼天子”。四年五月病卒，遗命薄葬。谥贞子。
为人刚强正直，明练治体，常以天下为己任，深得武帝信任。屡居要职，性情缜密，对外从来不-中之事。好藏书，所藏达7000卷，都经亲手校理。生平所作奏议弹文，编为15卷。