孔灵符（？—465），山阴（今绍兴）人。会稽内史孔季恭子。南朝宋文帝元嘉（424—453）末年为南谯王刘义宣司空长史、南郡太守，尚书吏部郎。孝武帝大明（457—464）初年，由侍中为辅国将军、郢州刺史，人为丹阳尹，又出为会稽太守，后又加豫章王刘子尚抚军长吏。
灵符以山阴县人多田少，曾向朝廷建议，将贫民迁徙余姚、鄞、鄮三县，垦种湖田。公卿讨论，多以为不便，孝武独从其议，于是贫民有地可耕，荒地成了良田。
孔家本广有田产，后又在永兴（今萧山）建立田庄，周围33里，占有水陆土地265顷，果园9处，被有司举发。灵符不据实答对，因此被免官。后又起用为寻阳王刘子房右军长史。
前废帝景和元年（465），因得罪宠幸近臣，被鞭杀，二子同时赐死。明帝即位，追赠金紫光禄大夫。
著有《会稽记》。鲁迅辑录佚文，包括不题撰人及存疑者，共56则，合一编，收入《会稽郡故书杂集》，为记载古代绍兴地理传说的重要资料。